基于生物信息学预测影响卵巢癌患者总体生存率的铁死亡相关基因

目的 通过生物信息学分析筛选影响卵巢癌(ovarian cancer, OC)患者总体生存率的铁死亡相关基因(ferroptosis-related genes, FRGs)。方法 通过癌症基因组图谱公共数据库(the cancer genome altas, TCGA)和基因组织表达数据库(genotype-tissue expression, GTEx)下载OC患者的mRNA表达谱和相应的临床数据,使用铁死亡数据库(ferroptosis database, FerrDb)获得铁死亡相关基因,使用R软件确定具有差异表达和预后价值的铁死亡相关基因,并在此基础上使用Lasso回归分析构建风险模型。通过受试者工作特征曲线(receiver operator characteristic curve, ROC)评估模型对预后的准确性,使用单因素和多因素分析筛选独立预后因素。应用功能富集和单样本基因富RAD001作用集分析(single-sample gene set enrichment analysis, ssGSEA)探索潜Medicare savings program在机制。结果 最终由18个基因构建了预后模型,并将OC患者分为高风险和低风险组。与低风险组相比,高风险组OC患者的总生存期(overall survival, OS)显著。时间依赖ROC曲线显示第1,2,3年的曲线下面积(area under curve, AUC)分别为0.664,0.702和0.675,说明风险模型较为可靠。风险评分被证明是OS的独立预测因子(HR=4.092, 95%CI:2.862~5.852, P <0.001)。功能分析显示,差异可能与受体和配体的相互作用、细胞因子和细胞因子受体的相互作用有关。抗原呈递过程包括活化的树突状细胞(activate dendritic cells, aDCs)、浆细胞样树突Puromycin状细胞(plasmacytoid dendritic cells, pDCs)、抗原呈递细胞(antigen presenting cells, APC)共抑制、主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC) I类评分和人白细胞抗原(human leukocyte antigen, HLA),差异均具有统计学意义(调整后P <0.05)。结论 FRGs影响OC患者的总体生存率,为预测OC的预后及探索新的治疗方式提供了新的方向,但FRGs与肿瘤免疫之间的潜在机制仍值得进一步研究。