目的:铂耐药卵巢癌(platinum-resistantovarian cancer,PROC)患者治疗方案的选择和治疗疗效的及时精准监测至关重要,然而,传统的实体瘤疗效准则(RECIST 1.1)和CA125评估方法显示出一定的局限性,特别是在监测靶向药物等新型药物的治疗疗效方面。本研究基于循环肿瘤DNA(circulatingtumor DNA,ctDNA)同时检测拷贝数变异(copy number variation,CNV)和TP53突变,以评估ctDNA的定量变化是否可以监测PROC患者的治疗疗效和预测无进展生存期(progressfree survival,PFS)。内容:本研究共收集到79例PROC患者的185份动态血液样本和53例初治手术组织标本,分别行ctDNA检测和全外显子测序(whole exon sequencing,WES)。对所有血液标本进行肿瘤非知情分析(tumor uninformed cfDNA assay,TUCA)策略的检测,TUCA 包括通过低深度测序(shallow whole genome sequencing,sWGS)和靶向富集测序分别进行CNV和TP53突变的检测,并且对匹配肿瘤组织的动态血液样本(2个采血点及以上)进行基于WES获得特异突变的肿瘤知情分析(tumor informed cfDNA assay,TICA)策略的检测。通过TICA监测策略训练TUCA监测策略算法,建立并优化ctDNA评估准则,之后依照该准则评估PROC患者的治疗疗效和预测生存结果。方法:本研究对43例有肿瘤组织标本且具备动态采血点的患者根据组织WES发现的突变设计个体化试剂盒,对其123个血浆的cfDNA标本同时进行TICA和TUCA检测,将这43例患者划分为TUCA训练集,应用TICA结果训练TUCA监测策略的算法;对36例无肿瘤组织标本的患者的57个血浆进行TUCA检测,作为TUCA算法的验证集;同时收集所有患者的血清CA125的检测结果。根据患者症状获益及RECIST结果探索性地制定相关ctDNA评估准则,分别比较TUCA监测策略与TICA监测策略、血清CA125的检测结果对PROC患者的疗效监测和生存预测的潜力。结果:TUCA训练集中,第三周期治疗前ctDNA获益(治疗过程相较基线下降≥80%或一直维持ctDNA阴性状态)可以提前预测患者的临床获益(RECIST-PR:部分缓解或RECIST-SDa:病灶直径缩小但没有达到PR)和临床未获益(RECIST-PD:疾病进展或RECIST-SDb:病灶直径增加但没有达到PD),灵敏度和特异度分别为81.82%和76.92%,AUC=0.82,与TICA监测策略(77.27%灵敏度、85.71%特异度、AUC=0.81)的预测能力相当。当TUCA联合CA125时,灵敏度和特异度可分别提升至90.91%和84.62%。在TUCA验证集中,第三周期治疗前ctDNA获益预测患者临床获益与否的灵敏度和特异度分别为100%和83.33%,TUCA联合CA125时,灵敏度和特异度均提升到100%。TUCA监测策略相比于影像学检测能够提前预测耐药信号,中位时间提前75.5天。Kaplan-Meier曲线显示第三周期治疗前ctDNA获益与 PFS 显著相关(HR:2.92;95%CI 1.57-5.42;Log-rank p=0.0004;中位 PFS 为267天vs 109天),多因素Cox回归分析显示第三周期治疗之前ctDNA获益是影响PROC 患者 PFS 的独立预后因素(HR:4.22;95%CI:1.48-12.00;p=0.007)。结论:TUCA策略可能是一种高灵敏度、可广泛适用和便捷易行的ctDNA检测方法,可以预测PROC患者的治疗反应和预后。TUCA联合CA125或许可以更好的获益于治疗方案选择有限的PROC患者,辅助指导个性化管理。目的:转移性神经内分泌肿瘤(mNENs)由于疾Lapatinib供应商病本身罕见且具有高度异质性等特点,预后差,且可选择的治疗方案有限,为mNENs患者选择合适的治疗pharmacogenetic marker方案并及时精准监测治疗疗效至关重要。目前对于mNENs患者治疗疗效的监测主要依赖于实体瘤疗效准则(RECIST 1.1)和一些NENs分子标志物,但传统影像学检查分辨率有限,不能全面评估患者体内的隐匿病灶,嗜铬粒蛋白A(CgA)等NENs生物标志物因受生物学特性的限制,Naporafenib试剂灵敏度和特异度都不理想。本研究基于循环肿瘤DNA(ctDNA)检测微小残留病灶(MRD)的肿瘤知情分析和拷贝数变异分析策略,探索性评估ctDNA的定量变化是否可以监测mNENs患者的治疗疗效和预测无进展生存期(PFS)。内容:共收集29名mNENs患者治疗过程中128份血液样本和29例原发或转移灶组织,每例患者均具备两个以上不同时间点的血液样本,分别进行ctDNA检测和全外显子测序(WES),然后给予肿瘤知情分析(TICA)和拷贝数变异分析(CNV)。与此同时,对每例血浆样本进行CgA的检测。由于神经内分泌肿瘤患者血浆ctDNA量低且相关研究报道较少,在本研究初级阶段我们首先摸索mNENs患者特异的血浆cfDNA提取、建库及TICA策略的最佳实验条件,评估ctDNA在cfDNA占比,探索性分析TICA策略及CNV用于监测mNENs患者治疗疗效的可行性;后期阶段探索性制定出监测mNENs患者的治疗疗效和预测预后的ctDNA疗效准则。方法:本研究基于29例患者组织WES数据为每例患者定制个体化试剂盒,通过多重PCR靶向富集测序(Raceseq)技术对相应患者匹配的128个血浆样本进行TICA检测;对所有血浆样本的cfDNA进行低深度测序,通过Wisecondor X软件评估拷贝数变异;采用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行血浆CgA的检测。根据患者的临床信息及RECIST结果首先评估TICA实验条件的可靠性,参照试剂盒提供的健康人群CgA水平波动范围及采用实验室相同条件下检测出健康人群血浆标本CgA值来综合训练mNEN患者CgA维度评估疗效的可靠性,然后探索性分析并制定相关ctDNA和/或CgA评估准则,最后比较ctDNA检测及血浆CgA对治疗疗效监测的灵敏度和特异度及预测mNENs患者生存结果的性能。结果:本研究中,29例mNENs患者128个血液标本,cfDNA浓度平均为21.14(3.02-291.67)ng/mL,提取cfDNA 使用血浆量平均为 3.20(1.50-5.00)mL,ctDNA fraction(ctDNA在cfDNA占比)中位值0.1%,这表明需要超灵敏的检测方法来定量分析mNENs患者的ctDNA水平。90.48%(19/21)患者治疗前基于ctDNA检测提示体内MRD阳性,84.62%(22/26)患者治疗过程中至结束一直维持MRD阳性,ctDNA未出现清零状态,符合对于mNENs患者“带瘤生存”管理的理念。4例临床获益的患者治疗过程出现“一过性”MRD阴性,提示治疗过程中ctDNA水平“一过性”清零或许可以预测mNENs患者临床获益(RECIST-PR,部分缓解或RECIST-SDa,病灶直径缩小但未达PR)。典型案例的分析提示ctDNA检测可以同步甚至早于RECIST预测到mNENs患者疾病进展的信号。结论:本研究中我们初步探索性的发现基于ctDNA检测技术可以用于监测mNENs患者的治疗疗效,为后期阶段的相关研究提供依据,该研究有望制定出一种广泛适用、便捷易行的ctDNA评价标准,帮助临床医师准确评估治疗疗效,辅助决策治疗方案。