目的 通过生物信息学方法分析IL-3和IL-3+干细胞更多因子（stem cCL13900使用方法ell factor, SCF）诱导的小鼠骨髓来源肥大细胞（bone marrow-derived mast cells,BMMCs）的差异表达基因及相关信号通路，为肥大细胞（mast cell, MC）的体外培养和功能学研究提供基础。方法 从GEO数据库下载IL-3和IL-3+SCF诱导的BMMCs的基因表达数据集GSE35332，采用R软件分析差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），使用在线工具DAVID数据库对DEGs进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析。采用STRING在线软件分析DEGs的蛋白相互网络。通过Cytoscape软件的MCODE插件筛选枢纽基因。结果 通过R软件分析数据集GSE35332，共筛选出1 339个DEGs，其中上调基因723个，下调基因616个。通过Cytoscape软件的MCODE插件共筛选出6个枢纽基因，分别为Psmd8,Psmd6,Psmd14,Psmc4,Psma6和Psma3。GO和KEGG分析显示枢纽基因主要集中在蛋白质水解、MHC I类分子呈递的抗原提呈和加工、泛素依赖性蛋白质分解代谢过程及Continuous antibiotic prophylaxis (CAP)Epstein-Barr病毒感染等相关通路。结论 本研究基于GEO数据库通过生物信息学方法，发现两种模式下诱导的小鼠BMMCs基因表达谱存在明显差异，同时发现6个枢纽基因参与泛素依赖性蛋白分解过程，为更深入研究MC体外培养和功能提供帮助。