为揭示三种黄酒酒曲（生麦曲、熟麦曲、药白曲）与烤烟Biogeographic patternsK326烟叶共发酵过程中细菌CB-839使用方法的多样性及其对关键酶活的影响，采用高通量测序分析了共发酵过程中细菌群落结构组成和动态变化，并进一步探讨了烟叶细菌多样性变化与关键酶活的相关性。结果显示，三种黄酒酒曲共发酵的10 g烟叶样品OTU数在103～344之间，且样品间OTU数间都有显著差异（P < 0.001）；在发酵过程中，生麦曲处理烟叶样品具有较多特有OTUMK-1775细胞培养s，糖多孢菌属、葡萄球菌属和假单胞菌属为主要优势菌；药白曲处理烟叶样品中细菌群落丰富度及多样性高于生麦曲和熟麦曲共发酵烟叶，其中魏斯氏菌属、葡萄球菌属和假单胞菌属等为优势细菌，聚类分析显示相对于其他酒曲而言，不同发酵时期的药白曲共发酵烟叶相关性不高，这说明了其细菌结构的多变性。通过冗余分析进一步探究关键酶酶活与烟叶中细菌多样性的关系，其中淀粉酶对优势细菌组成的影响最大。本研究结果为微生物人工调控醇化过程提升烟叶品质的应用研究提供一定的参考。